عُنيت موسوعة التفسير الموضوعي بدراسة أهم الموضوعات التي تحدث عنها القرآن الكريم، وقد بلغ عدد موضوعات الموسوعة في طبعتها الأولى (354) موضوعًا.
يتم دراستها وفق منهجية علمية معتمدة في الجامعات الإسلامية، بشكل موجز، يعرض لأهم القضايا المتعلقة بهذا الموضوع، مع إدراكنا لصعوبة الاختصار في بعض الموضوعات التي تحدث القرآن الكريم عنها كثيرًا.
وأما ضابط الموضوع القرآني: فهو أن يكون موضوعًا تحدث عنه القرآن؛ إما بألفاظه الصريحة، أو بمعانيه، ويدخل في ذلك الأعلام أو الأقوام الذين تحدث عنهم القرآن.
ولا يدخل في نطاق الموسوعة دراسة المصطلح القرآني، أو الأساليب القرآنية.
ترتيب موضوعات الموسوعة والإحالة بينها:
روعي في ترتيب الموسوعة الأمور الآتية:
رتبت موضوعات الموسوعة في النسخة الورقية ترتيبًا ألفبائيًّا، حتى يسهل الوصول إلى الموضوع.
روعي في الترتيب الألفبائي فك التضعيف عن الحرف المشدد، واعتباره حرفين، فقدم ـ مثلًاـ الشرب على الشر، والشكر على الشك.
يذكر في نهاية كل موضوع الموضوعات ذات الصلة به.
في المواضع المشتركة بين بحثين أو أكثر: يتم الإحالة من الموضع المختصر إلى المطول، فمثلًا أحيل في بحث الإنسان في موضوع خلق آدم عليه السلام إلى بحث آدم عليه السلام: مراحل خلق آدم. وإذا كان في كلا الموضعين فائدة مختلفة أحيل في كلٍّ منهما إلى الآخر.
