كشف الظُّنون هي دائرة معارف في الكتب والعلوم وتعد أهم تصانيف المؤلف، وقد قضى حاجى خليفة أكثر من عشرين عاما في جمعها وكتبها بالعربية. تم وضع الجزء الأول منها عام 1064 هـ.
وقد أورد المصنف فيه عنوانات نحو خمسة عشر ألف (وقيل ثمانية عشر ألف) كتاب عربي وفارسي وتركي، لكن الغالبية العظمى هي كتب عربية. والكتب منسقة حسب العلوم المختلفة، وفي فاتحة كل قسم شرح فيها فائدة كل علم وفن، ويتعرض لنشأة العلم ومدارسه وإلى المشهورين من أربابه.
ويقول المصنف في ديباجة الكتاب:
«أما بعد لما كان كشف دقائق العلوم وتبيين حقائقها من أجلّ المواهب وأعزّ المطالب قيض الله سبحانه في كل عصر علماء قاموا بأعباء ذلك الأمر العظيم وكشفوا عن ساق الجد والاهتمام بالتعليم والتفهيم سيّما الأئمة الأعلام من علماء الإسلام...غير أن أسماء تدويناتهم لم تدون بعد على فصل وباب ولم يرد فيه خبر كتاب.»
«ولا شك أن تكحيل العين بغبار أخبار آثارهم على وجه الاستقصاء لعمري أنه أجدى من تفاريق العصاء إذ العلوم والكتب كثيرة والأعمار عزيزة قصيرة والوقوف على تفاصيلها متعسر بل متعذر وإنما المطلوب ظبط معاقدها والشعور على مقاصدها وقد ألهمني الله تعالى جمع أشتاتها وفتح عليّ أبواب أسبابها فكتبت جميع ما رأيته في خلال تتبع المؤلفات وتصفح كتب التواريخ والطبقات.»
ويعلق عبد الرحمن بدوي ويقول إن المؤلف: «لا بد أنه شاهد هذه الكتب كلها بنفسه لأنه يذكر العنوان، وابتداء الكتاب، ونهايته، ويقدم بعض المعلومات عن حياة المؤلف، ويذكر مضمون الكتاب، وأحياناً يذكر فصوله الرئيسية. ولا بد أنه قام بكثير من الأسفار والأبحاث للحصول على هذا الحشد الهائل من المعلومات.»
